מורשת הארגון

ב12 בנובמבר 2019, בפעילות משותפת של שב"כ וצה"ל, סוכל מפקד החטיבה הצפונית של הג'יהאד האיסלמי, בהאא אבו אל עטא , במבצע סיכול ממוקד אשר קיבל את הכינוי "חגורה שחורה". בהאא שימש כמפקד הצבאי ברצועת עזה של ארגון הגא"פ הוביל ועסק באופן ישיר בתכנון והוצאה לפועל של פיגועים ונסיונות לפגוע באזרחים ישראליים ובחיילי צה"ל במתווים שונים בהם פיגועי צליפה, שימוש ברחפנים, וירי רקטי. לאחר הסיכול של בהאא, ביצע ארגון הגא"פ ירי מאסיבי של רקטות אל עבר ישובי עוטף עזה, ערי הדרום והמרכז. בתגובה לירי הרקטי ביצע צה"ל בשיתוף עם שב"כ תקיפות אוויריות על יעדי הטרור של הגא"פ וסיכול חוליות שיגור רקטות. במהלך מבצע זה שוגרו כ-450 רקטות לעבר ישראל, נהרגו 26 מחבלים והותקפו עשרות מטרות של ארגון גא"פ.

עם התפרצות נגיף הקורונה בישראל נקרא שירות הביטחון הכללי על ידי ממשלת ישראל לסייע באמצעות היכולות והכלים הטכנולוגיים שברשותו במניעת התפשטות נגיף הקורונה וקטיעת שרשראות הדבקה המוניות של חולים פוטנציאליים. עם קבלת ההחלטה על ידי ממשלת ישראל ואישור היועמ"ש לממשלה, נרתם השב"כ לסיוע למשרד הבריאות במאבק בנגיף באמצעות איתור ממוכן של מגעים פוטנציאליים לחולים מאומתים, והעברת התוצרים למשרד הבריאות לטובת מניעה של הדבקה המונית בנגיף. בשנת 2020, באמצעות הסיוע הטכנולוגי של שב"כ אותרו למעלה מ-90 אלף חולים שלא היו מתגלים אלמלא היכולת הטכנולוגית של שב"כ. כתוצאה מכך, על פי נתוני משרד הבריאות, נמנעו כ-50 אלף נדבקים חדשים, שמשמעותם מניעת למעלה מ-1000 מקרי תחלואה קשים וכ-400 מקרי תמותה. ביולי 2021 לא הוארכה התקנה לשעת החירום ובכך הסיוע הטכנולוגי של שב"כ למניעת התשפטות נגיף הקורונה הופסק.

מבצע "שומר החומות" החל ביום ירושלים, 10 במאי 2021, לאחר שארגון הטרור חמאס ביצע ירי רקטי לעבר העיר ירושלים. לאחר הירי החל מבצע צבאי אשר נמשך 12 ימים. במהלך המבצע הותקפו למעלה מ-16,500 מטרות טרור, בהן מטרות של ארגוני הטרור ברצועת עזה, מאות בתים ומשרדים של פעילי טרור ומעל 100 קילומטרים של מנהרות תת קרקעיות. במהלך המבצע, בפעילות משותפת של שב"כ וצה"ל סוכלו בכירים ב"פורום המטה הכללי" של חמאס בהם מח"ט העיר עזה, ראש מערך הסייבר ושיפור הטילים של חמאס, וראש מערך הייצור. במהלך המבצע ארגוני הטרור ברצועת עזה שיגרו לעבר ישראל כ-4,360 רקטות ופצצות מרגמה. במהלך ימי המבצע פרצה מחאה אלימה מקרב ערביי ישראל שכללה מהומות אלימות, ניסיונות לינץ', ונדליזם והצתות. מוקדי האלימות היו בעיקר בערים מעורבות – לוד, רמלה, עכו. המהומות התרחבו גם לכבישים רבים ברחבי הנגב והגליל. במהומות לקחו חלק גם במספר אירועים חמורים יהודים אשר תקפו ערבים.

ב-6 בספטמבר 2021 לפנות בוקר, נמלטו שישה אסירים ביטחוניים מכלא גלבוע באמצעות מנהרה שחפרו מתאם. בין הנמלטים, אסירים מהג'יהאד אסלאמי ואסיר פת"ח, זכריה זביידי. לאחר היוודע דבר הבריחה, פתחו כוחות שב"כ, משטרת ישראל וצה"ל בחיפושים אחר האסירים. ב-10 בספטמבר, נתפסו שניים מהאסירים באזור הר הקפיצה, סמוך לנצרת. כעבור שעות אחדות, ב-11 בספטמבר, נתפסו בכפר אום אל-גנם, הסמוך להר תבור, שני אסירים נוספים. ב-19 בספטמבר נעצרו בתום מצוד מודיעיני ומבצעי רחב שהוביל השב"כ בג'נין שני האסירים האחרונים.

החליף את יורם כהן, שסיים את תפקידו. ארגמן, שהתגייס לשירות הביטחון הכללי בשנת 1983, מילא מגוון רחב של תפקידים בתחום המבצעי, וב-2003 מונה לעמוד בראש אגף המבצעים. ב-2007, ולמשך ארבע שנים, שימש כנציג שב"כ בארצות הברית, ובשנת 2011 מונה לתפקיד סגן ראש השירות. הוא הושאל לשנה לוועדה לאנרגיה אטומית, ובספטמבר 2015, עם מינויו של רוני אלשיך למפכ"ל המשטרה, חזר לתפקיד הסגן, לבקשתו של ראש השירות דאז, יורם כהן. ב- 8 במאי 2016 מונה נדב ארגמן לעמוד בראש הארגון.

מבצע "צוק איתן" התקיים בקיץ 2014 בין התאריכים 7 יולי – 27 אוגוסט. במהלך 50 ימי לחימה של המבצע נורו מרצועת עזה לעבר ישראל קרוב ל-4,200 פריטי תמ"ס, רובם לטווח קצר ובינוני (עד 50 ק"מ), ומיעוטן (כ-10%) לטווח הארוך, לרבות לעבר גוש דן והשרון, ירושלים, חדרה וצפון הארץ. רוב הרקטות, שכוונו לעבר אזורים מאוכלסים יורטו בידי "כיפת ברזל". כמה עשרות רקטות נורו גם מסיני לעבר ישראל. במהלך המבצע תקף צה"ל, בשיתוף שב"כ, קרוב ל-6,000 מטרות, בהן חוליות יורי תמ"ס, בורות שיגור, פירי מנהרות, מחסני אמל"ח, מפקדות ובתי בכירים בחמאס, בעיקר בדרג הצבאי. בלטו במהלך המבצע, סיכול ניסיון חדירה דרך הים, סמוך לקיבוץ זיקים, וניסיון חדירה של כ-15 מחבלים דרך מנהרה מהרצועה לעבר קיבוץ סופה (17 יולי). בעקבות זאת, ב-17 יולי, בשעות הלילה, החל השלב הקרקעי של המבצע, שמטרתו העיקרית איתור והשמדת מנהרות מתקפיות, בדגש על כאלה החוצות לעבר ישראל, ואשר בהן קיים חשש כי יעשה שימוש לצורך פיגועי חדירה לישראל. בלטו בהיקשר זה, פיגוע חדירה סמוך לניר עם (21 יולי) ופיגוע חדירה למוצב צבאי ליד נחל עוז (19 יולי). השלב הקרקעי, שכלל קרבות קשים בסג'אעיה, בבית חאנון וברפיח, הוביל גם למעצרם של עשרות פעילי חמאס, אשר הועברו לחקירת שב"כ, ותוצרי חקירותיהם שימשו להצלת חיים, לאחר שהועברו כהתרעות לכוחות בשטח, בדגש על מיקומי מנהרות ופירי יציאה של מנהרות, ואף כמטרות חדשות לתקיפה. ב-26 לאוגוסט נכנסה לתוקפה הפסקת אש. במהלך המבצע נרשמו בעורף ישראל 6 הרוגים, 5 מהם ישראלים, בהם ילד כבן 4, תושב נירים, וכן עובד זר. כן נהרגו 65 חיילים ונפצעו קרוב ל-300.

ב-12 ביוני 2014 נחטפו ונרצחו 3 נערים ישראלים: גיל-עד שאער, נפתלי פרנקל ואייל יפרח ז"ל, בידי מרואן קואסמה ועאמר אבו עישה, פעילי חמאס מחברון. גופותיהם של החטופים, שעלו לטרמפ בטרמפיאדה באזור גוש עציון, נקברו באדמות, שבבעלותו של חוסאם קואסמה, ונתגלו ב-30 ביוני 2014. עם הגילוי הפך חוסאם קואסמה למבוקש, והתכוון להימלט לירדן בתיעוד מזויף. הוא אותר ונעצר, במקום מסתור במחנה הפליטים שועפט, ובחקירתו, בשירות הביטחון הכללי, עלה כי ששימש כדרג מפקדה, היה מעורב בתכנון הפיגוע, כחצי שנה לפני כן, השיג, לצורך החטיפה, באמצעות אחיו מחמוד, השוהה ברצועת עזה, כספים בהם נרכשו רכב החטיפה ואמל"ח: 2 רובים ו-2 אקדחים, ולאחר הפיגוע, סייע למבצעיו להסתתר בחברון. ב-22 ספטמבר 2014 יורטו שני המפגעים בנגריה בחברון.

ישראל פתחה במבצע "עמוד ענן" (21-14 נובמבר 2012) בעקבות הסלמה משמעותית בפעילות הטרור מרצועת עזה, אשר באה לידי ביטוי בשורת פיגועים לעבר כוחות צה"ל ובעלייה בהיקף הירי תלול המסלול (רקטות ופצצות מרגמה) לעבר ישראל. המבצע החל עם יירוטו (ב-14 בנובמבר 2012), של אחמד ג'עברי, מפקד הזרוע הצבאית של חמאס. במהלך שמונת ימי הלחימה תקף צה"ל, בשיתוף שב"כ, כ-1,500 מטרות, הושמדו אלפי רקטות ובכללם פגיעה משמעותית במערך רקטות ארוכות הטווח (פאג'רים). בנוסף, הותקפו למעלה מ-210 מנהרות. עוד במהלך המבצע, הותקפו קרוב ל-70 יעדים צבאיים של חמאס וגא"פ, לרבות מוצבים, מחסני אמל"ח, ומטרות המהוות סמלי שלטון של חמאס, אשר להן זיקה לפעילות צבאית, מתוכם כ-30 בתים של מפקדים בכירים בזרוע הצבאית של חמאס. במהלך המבצע שוגרו מהרצועה לעבר ישראל קרוב ל-1,700 רקטות, וכן למעלה מ-50 פצצות מרגמה. למעלה מרבע מכלל הרקטות ששוגרו לעבר ישראל (436) יורטו על ידי מערכת "כיפת ברזל". פחות מאחוז אחד מכלל הרקטות (0.6%, כ-10 רקטות) רקטות ארוכות טווח (60 ק"מ ומעלה), מתוכן: 7 שוגרו לעבר גוש דן, ו-2 לעבר ירושלים. בתקופת המבצע נהרגו 6 ישראלים (4 אזרחים ו-2 חיילים) ונפצעו קרוב ל-250.

יורם כהן התמנה לראשות השב"כ במקומו של יובל דיסקין שסיים את תפקידו. כהן החל שירותו כמאבטח רכזי שטח ביהודה ובלבנון, ובהמשך עבר קורס רכזי שטח. לאחר שורה של תפקידי שטח ומטה מונה בשנת 2001 לעמוד בראש האגף לסיכול טרור ערבי- איראני. בשנת 2003 מונה כהן לעמוד בראש מרחב ירושלים, יהודה ושומרון. ב-2005 מונה לסגן ראש שירות הביטחון הכללי עד ל-2008. ב-15 במאי 2011 מונה לעמוד בראש הארגון.

מבצע "עופרת יצוקה" (27 דצמבר 2008 – 18 ינואר 2009) נועד לשנות את המציאות הביטחונית בדרום הארץ, ולתת מענה לירי תלול מסלול של רקטות ופצצות מרגמה מהרצועה לעבר ישראל, אשר התגבר מאוד עם סיום תקופת "ההרגעה" ב-19 דצמבר 2008. במהלך המבצע הכפיף "שירות הביטחון הכללי" את כלל יכולותיו להכנת יעדי התקיפה, לבניית תמונת מודיעין בשטח עבור הכוחות, וכן לליווי הכוחות הלוחמים של צה"ל תוך העברת מודיעין בזמן האמת. במסגרת המבצע בוצעו תקיפות מהאוויר וכניסה קרקעית של כוחות: הותקפו קרוב ל-1,300 יעדים, רובם של חמא"ס, ביניהם: אתרי יצור ואחסון של רקטות, מנהרות להברחת אמל"ח, מחנות ומתקני אימונים ותשתיות. בתקופת המבצע נורו לעבר ישראל למעלה מ-650 רקטות, כ-20% מהן ארוכות (נפלו באשקלון, אשדוד, באר שבע, גדרה ונתיבות), אך עם סיומו הושג היעד של הפחתה כמעט מוחלטת של ירי זה. בתקופת המבצע נהרגו 13 ישראלים ונפצעו קרוב ל-700. בין ההרוגים: 4 (3 אזרחים וחייל) נהרגו כתוצאה מירי תלול מסלול ו-9 חיילים במהלך הלחימה (4 מהם מירי כוחותינו).

ב-15.8.2007 מתחילה ישראל בנסיגה חד צדדית מרצועת עזה ומארבעה יישובים בצפון השומרון. אירוע זה מכונה "ההתנתקות". צה"ל משלים את יציאתו מעזה ב-11.9.2005 וב-22.9.2005 מסתיימת הנסיגה גם מצפון השומרון. השב"כ נדרש ללוות את המהלך באספקת מודיעין שוטף להבטחת יציאה מסודרת של צה"ל, בנוסף פעל השב"כ למנוע אפשרות של סיכול המהלך על ידי חלק ממתנגדי הנסיגה שפעלו בדרכים שאינם חוקיות. בעקבות ההתנתקות ויציאת צה"ל מעזה, משנה שירות הביטחון הכללי את היערכותו מול רצועת עזה.

יובל דיסקין התמנה לראשות שב"כ במקומו של אבי דיכטר שסיים את תפקידו. דיסקין החל שירותו כרכז בנפת שכם. לאחר שורה של תפקידי שטח ומטה מונה בשנת 1994 לעמוד בראש האגף לסיכול טרור וריגול ערבי אסלאמי. בשנת 1997, מונה דיסקין לעמוד בראש מרחב ירושלים, יהודה ושומרון. ביולי 2000 - מונה לסגן ראש שירות הביטחון הכללי עד לחודש ספטמבר 2003. במאי 2005 – מונה לעמוד בראש הארגון.

ב - 27 למרץ 2002, בעקבות הפיגוע הרצחני שבוצע בליל הסדר במלון "פארק" בנתניה, פיגוע בו נהרגו 30 ישראלים, התקבלה ההחלטה לצאת למבצע "חומת מגן". ב - 29 למרץ החל המבצע, במהלכו הוחזרה שליטת צה"ל בכל רחבי יהודה ושומרון ובכלל זה שטחים שהיו באחריותה של "הרשות הפלסטינית". מאז מבצע "חומת מגן", ביצעו השב"כ וצה"ל מבצעי סיכול נרחבים ביהודה שומרון ורצועת עזה במהלכם נעצרו אלפי מחבלים ונמנעו פיגועים רבים. השב"כ נדרש בתקופה זו למצות את מלוא יכולותיו האנושיות, המבצעיות והטכנולוגיות במאבק האינטנסיבי לסיכול טרור, הנמשך עד ימים אלו.

חוק שב"כ אושר בכנסת. החוק הגדיר לראשונה את סמכויות השב"כ, משימותיו והמגבלות המוטלות עליו.

בסוף ספטמבר - תחילת אוקטובר שנת 2000, פרצה "אינתיפאדת אל-אקצא". האינתיפאדה החלה בהפרות סדר המוניות בשטחי יהודה, שומרון ורצועת עזה, והפכה במהרה להתקוממות מזוינת הכוללת פעולות טרור קשות, בהיקף חסר תקדים, תוך ביצוע פיגועי התאבדות רבים. בימים הראשונים גלשו המהומות לתוך תחומי הקו הירוק והתפתחו להפגנות המוניות והפרות סדר אלימות וקשות (כולל חסימות צירי כבישים מרכזיים) שערכו ערבים אזרחי ישראל. בעימותים בין המפגינים לכוחות הביטחון, נהרגו 12 אזרחים מקרב ערביי ישראל. בעקבות אירועים קשים אלו, הוקמה ועדת חקירה ממלכתית לחקירת האירועים, בראשות השופט תיאודור אור. במהלך "אינתיפאדת אל-אקצא" נדרשו שירות הביטחון הכללי, צה"ל ומשטרת ישראל להפעיל את מלוא יכולתם לבלימת האירועים האלימים ולסיכול טרור, מאמץ זה הגיע לשיאו במסגרת מבצע "חומת מגן".

ב- 14.5.2000 מתמנה אבי דיכטר לתפקיד ראש השב"כ במקומו של עמי אילון הפורש. דיכטר מכהן בתפקיד עד מאי 2005, בתקופה הסוערת של אינתיפאדת אל-אקצא.

השב"כ מגדיר לראשונה באופן רשמי את ייעודו, שעתיד להוות בסיס על פיהם חייב לנהוג עובד הארגון.

פתיחת "מנהרת הכותל" הובילה להתלקחות דמים בין צה"ל לכוחות הביטחון של הרשות הפלסטינית, אשר לראשונה היפנו את נשקם לעבר צה"ל. המהומות התפשטו ביהודה, שומרון ובעזה, נמשכו 3 ימים (24-26 ספטמבר). במהלך המהומות נהרגו 25 חיילי צה"ל ונפצעו עשרות. בקרב הפלסטינים נרשמו למעלה ממאה הרוגים וכאלף פצועים.

יחיא עיאש, מומחה החבלה הראשי של חמא"ס, שהיה אחראי לסדרת פיגועים קשים, ביניהם פיגועי התאבדות, נהרג ברצועת עזה בעת שטלפון סלולארי שבו דיבר התפוצץ. עיאש, שכונה "המהנדס", הסתתר ברצועה, לאחר שנמלט אליה מהשומרון. הוא היה אחראי למותם של עשרות ישראלים ולפציעתם של מאות.

ב-8.1.1996 מתמנה עמי איילון לראשות השב"כ, בעקבות התפטרותו של כרמי גילון. איילון ממונה לתפקיד ראש השב"כ כדי לשקם את הארגון. איילון מצליח לשקם את הדימוי הציבורי של השב"כ ולהחזיר את הביטחון העצמי לארגון וב-1997 מגדיר השב"כ בראשותו, לראשונה את ייעוד השב"כ, שעתיד להוות בסיס לחוק השב"כ שיתקבל בשנת 2002. באותה עת מוגדרים גם ערכי השירות על פיהם חייב לנהוג עובד השב"כ.

ב-8.1.1996 מתמנה עמי איילון לראשות השב"כ, בעקבות התפטרותו של כרמי גילון. איילון ממונה לתפקיד ראש השב"כ כדי לשקם את הארגון. איילון מצליח לשקם את הדימוי הציבורי של השב"כ ולהחזיר את הביטחון העצמי לארגון וב-1997 מגדיר השב"כ בראשותו, לראשונה את ייעוד השב"כ, שעתיד להוות בסיס לחוק השב"כ שיתקבל בשנת 2002. באותה עת מוגדרים גם ערכי השירות על פיהם חייב לנהוג עובד השב"כ.

ב- 4 נובמבר 1995, בשעה 21:40, בתום עצרת לתמיכה בתהליך המדיני, ב"כיכר מלכי ישראל", ירה יגאל עמיר בגבו של ראש הממשלה ושר הביטחון, יצחק רבין והרגו. הרוצח, יגאל עמיר, נעצר, נחקר ונשפט למאסר עולם. חקירת השב"כ העלתה כי הרוצח פעל ממניע אידיאולוגי – בכוונה לעצור את התהליך המדיני. קודם להתנקשות התבטא הרוצח בפני מספר אנשים, בדבר כוונותיו לפגוע בראש הממשלה. במהלך החיפוש שנערך בביתו של הרוצח הוסגרו אמצעי לחימה רבים כולל לבנות חבלה, רימונים מאולתרים ונפצים חשמליים. בעקבות הרצח התפטר ראש השב"כ, כרמי גילון ובמקומו מונה עמי איילון. כמו כן, מונתה ועדת חקירה ממלכתית בראשות השופט מאיר שמגר. הועדה זיהתה כשלים במערך האבטחה של השב"כ והמליצה על שורת הצעות לשיפור עבודת האבטחה וייעולה. הועדה גם הגישה שורה של המלצות לשיפור ויעול בעבודת המודיעין, לרבות בעניין "נוהל הפעלת מקורות" שנועד להבטיח את השליטה בסוכנים, והן בסוגיית חלוקת האחריות בין השב"כ, משטרת ישראל וצה"ל. בעקבות המלצות הועדה הוקם צוות מעקב ובקרה בראשות האלוף במיל' רפאל ורדי - ובו נציגי צבא, משטרה ושב"כ לצורך יישום אותן המלצות. רצח ראש הממשלה, יצחק רבין ז"ל, הינו כישלון חמור של השב"כ, באחת המשימות המרכזיות אשר תחת אחריותו - אבטחת ראש הממשלה. בעקבות הרצח, התקיים ביחידות שירות הביטחון הכללי, תהליך הפקת לקחים נרחב על בסיס המלצות "ועדת שמגר". הרצח הביא לשינוי מהותי בתפיסת האיום - נוכח העובדה שהרצח בוצע על ידי מתנקש יהודי על בסיס אידיאולוגיה קיצונית, נגזרה התיחסות מחמירה כלפי אלו המחזיקים באידיאולוגיות קיצוניות הדוגלות באלימות. בעקבות זאת, הפכה משימת האבטחה של ראש הממשלה ואבטחת אישים בכלל, למשימה מרכזית, עתירת השקעה ומאמצים. במסגרת זו, הוגברו ושופרו סדרי אבטחת ראש הממשלה. גם בתחום המודיעין, חלו שינויים רבים בתפיסת האיום, באיתור בעלי פוטנציאל לממש את כוונותיהם האידיאולוגיות וכן גובשה מחדש תפיסת הפעלת הסוכנים, ובכלל זה, מערך בקרה מחמיר.

ב-13 בספטמבר 1993, נחתם בוושינגטון "הסכם העקרונות" (שכונה "הסכם אוסלו") בין ממשלת ישראל לבין "הרשות הפלסטינית" לכינון ממשל פלסטיני עצמאי בשטחי יהודה, שומרון ועזה, כהסדר ביניים לחמש שנים שלאחריו יתנהל המשא-ומתן להסדר הקבע. החל ממאי 1994, במסגרת מימוש הסכם "עזה ויריחו תחילה", מוקמת ומתבססת בשטחי עזה ויריחו, "הרשות הפלסטינית", על מוסדותיה האזרחיים והביטחוניים, בראשות פת"ח ואש"פ. במקביל, מתרחש בשנים אלו גל טרור רצחני הכולל סדרה של פיגועי התאבדות, מצד החמא"ס ו"הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני", כאשר "הרשות הפלסטינית" מפגינה בתקופה זו, עמדה נרפית ואינה עומדת בהתחייבויותיה מתוקף ההסכם למנוע ולסכל פעילות טרור נגד ישראל. גל הטרור מגיע לשיאו, בסדרת פיגועי ההתאבדות הגדולים בפברואר-מרץ 1996; שני פיגועים בירושלים, פיגוע באשקלון, ופיגוע בדיזינגוף סנטר בתל-אביב - פיגועים בהם נהרגים עשרות ישראלים ונפצעים מאות. בהמשך לגל הטרור ולאחר לחץ ישראלי ובין-לאומי משמעותי, ניכרה במשך מספר חודשים בודדים, פעילות של ממש של ה"רשות הפלסטינית", כנגד חמא"ס ו"הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני". הפעילות התבטאה בעיקר ברצועת עזה, ופחות ביהודה ושומרון, שם מצליחות תשתיות פעילות של חמא"ס להוציא לפועל פיגועי התאבדות גם במהלך שנת 1997. בהיעדר פעילות אפקטיבית ומתמשכת של "הרשות הפלסטינית" לסיכול הטרור, כמו גם היעדר שיתוף פעולה מודיעיני בטחוני עם ישראל במידה הנדרשת, פיתח השב"כ כלים ושיטות להתמודדות עצמאית עם תשתיות הטרור המתגברות. כלים ושיטות אלו, שימשו את השב"כ במלחמתו בטרור בין סוף שנת 1997 עד אוקטובר 2000, תקופה בה לא בוצעו בפועל פיגועי התאבדות.

ב-1.4.1988 מתמנה יעקב פרי כראש השב"כ במקום יוסף הרמלין. פרי ביצע שינויים ארגוניים כתגובה לשינויים בהערכות המצב הביטחוניות והמדיניות, תוך הערכות להתמודדות עם האינתיפאדה ואחר כך עם השינויים שבאו אחרי "הסכמי אוסלו"

בשנת 1988 נחשפת התארגנות חשאית של פלג "מצפן" (הארגון הסוציאליסטי הישראלי, שהוקם בשנת 1962 על-ידי פורשי המפלגה הקומוניסטית הישראלית), "דרך הניצוץ" (תנועת שמאל רדיקלי ישראלית שהוקמה בשנת 1977) מתגייסת לשירות ארגון הטרור הפלסטיני "החזית הדמוקרטית לשחרור פלסטין" של נאיף חוואתמה. חברי ההתארגנות, שהיו גם הפעילים המרכזיים של"הניצוץ", מגויסים ל"חזית הדמוקרטית לשחרור פלסטין", ב- 1983, בעת שהותם בלונדון. פעילותם ממומנת על ידי החזית והם מקיימים קשרים חשאיים עם ארגון הטרור. בזמן האינתיפאדה מסייעים מגויסי "הניצוץ" לפעילי החזית ואף נותנים מחסה למבוקשים. באפריל 1988 נעצרים ארבעה מראשי "דרך הניצוץ" בגין סיוע לארגון טרור. הם מורשעים בדין אחרי הודאתם במסגרת עיסקת טיעון ונידונים לתקופות מאסר שבין 9 ל-30 חודשי מאסר.

בדצמבר 1987 פרצה האינתיפאדה הראשונה בשטחי עזה, יהודה ושומרון, שנושאת אופי של התקוממות עממית. התפרעויות קשות ואלימות מתחילות ברצועת עזה, מתפשטות עד מהרה לשטחי יהודה ושומרון, ומתפתחות לפעילות חבלנית עוינת שכוללת ידויי בקבוקי תבערה, דקירות ותקיפות, חבלות ברכוש, הפרות סדר קשות, הסתות, פגיעה מאסיבית ורצח המוני של חשודים בשיתוף פעולה ופעולות נוספות. שירות הביטחון הכללי נדרש לראשונה לטיפול משמעותי בגל הפרות סדר חסר תקדים בשטחים, במקביל לפעילותו המבצעית הייעודית, ונאלץ להתאים את פעילותו להתמודדות עם האתגר החדש. בינואר 1988 מוטלת על השב"כ אחריות להערכת המודיעין בשטחים. לצורך זה מוקמת באגף לענייני ערבים בשב"כ מחלקת מחקר מיוחדת.

ועדת לנדוי – 31.5.1987 בעקבות פרשת נאפסו מחליטה ממשלת ישראל לכונן ועדת חקירה לבדיקת שיטות ונהלי החקירה של השב"כ. ליו"ר ועדת החקירה ממונה השופט העליון בדימוס, משה לנדוי. הוועדה פירסמה את מסקנותיה באוקטובר 1987 והבהירה את האיסור על הפעלת לחצים פסולים בחקירה פרט למקרים חריגים בהם תותר, באישור מיוחד, הפעלת לחץ פיזי מתון. הוועדה קבעה נהלים ומנגנונים לפיקוח על שיטות החקירה בשב"כ. מאז הוגברו כלי הפיקוח על פעילות החקירות והוטמעו בקרב החוקרים עקרונות המותר והאסור בהתאם לנהלי החקירה.

עיזאת נאפסו, קצין צה"ל ממוצא צ'רקסי נעצר ב-1980, הורשע ביוני 1982 בעבירות חמורות של בגידה, ריגול חמור, עזרה לאויב וסיוע לאויב במלחמה ונידון ל-18 שנות מאסר. טענותיו אז כי הודאתו נגבתה ממנו בעינויים - נדחו. ב-1986, על רקע הפרסומים בתקשורת אודות מעורבות שב"כ בבידוי הראיות בפרשת קו 300 (ומעורבות יוסי גינוסר שלקח חלק גם בחקירת נאפסו), הוגש ערעור, מטעמו של נאפסו, לבית המשפט העליון כנגד פסקי הדין של הערכאות הצבאיות. בינואר 1987 מינה ראש השב"כ יוסף הרמלין, צוות בדיקה שקבע כי הודאתו של נאפס אכן נגבתה תחת אמצעי לחץ, על רקע האמור, במסגרת הערעור, הודיעו הצדדים על הסכמתם לזיכויו של נאפסו מן האישומים בהם הורשע ותחת זאת, ביקשו להרשיעו בעבירה שעניינה חריגה מסמכות עד כדי סיכון ביטחון המדינה, זאת, משום שלא דיווח על שתי פגישות שקיים בדרום לבנון עם גורם פת"ח, כאשר באחת מהן אף נתבקש לשתף פעולה ולהעביר ידיעות על פעילות צה"ל באד"ל. בהתאם להודאתו באשמה נעתר בית המשפט העליון לבקשת הצדדים והורה על הרשעתו בעבירה האמורה תוך שגזר עליו עונש מאסר בן 24 חודשים, אשר ריצויו הסתיים זה מכבר, ועל כן, שוחרר לאלתר. בעקבות פרשת נאפסו, החליטה ממשלת ישראל לכונן ועדת חקירה לבדיקת שיטות ונהלי החקירה של השב"כ. ליו"ר ועדת החקירה מונה שופט בית המשפט העליון בדימוס, משה לנדוי.

ב-12.4.1984 השתלטו ארבעה מחבלים פלסטינים על אוטובוס "אגד", קו 300, שעשה דרכו מתל-אביב לאשקלון ובו 35 נוסעים. בהשתלטות הצבאית על האוטובוס, בדיר אל-בלח, נהרגו שני מחבלים ונתפסו שניים נוספים שהועברו לחקירת שב"כ. תחילה התפרסם כי כל המחבלים נהרגו במהלך ההשתלטות על האוטובוס, אולם, לאחר שהתפרסם בתקשורת צילום מהאירוע (שצולם על ידי אלכס ליבק, צלם עיתון "חדשות" דאז), עלה כי שניים מהמחבלים נתפסו חיים. הנושא נבדק על ידי ועדת חקירה בראשות אלוף (מיל') מאיר זורע ומאוחר יותר על ידי ועדה בראשות פרקליט המדינה, יונה בלטמן. בנובמבר 1985, נחשפו פרטי הפרשה על ידי שלושה ראשי אגפים בשב"כ וביניהם המשנה לראש השב"כ, ראובן חזק; נחשף כי המחבלים הוצאו להורג בהוראת ראש השב"כ לאחר שנתפסו וכן כי עובדי השב"כ שהופיעו בפני ועדת זורע, העידו עדויות שקר על פי הנחיות ראש השב"כ. בוועדה עצמה השתתף יוסי גינוסר ז"ל, עובד בכיר בשב"כ, שתיאם את עדויות עובדי השב"כ ודיווח על המתרחש בחקירה לראש השב"כ. בעקבות זאת, דרש היועץ המשפטי לממשלה, יצחק זמיר, לפתוח בחקירה פלילית נגד ראש שירות הביטחון הכללי, אברהם שלום, וכנגד שאר עובדי השב"כ החשודים בביצוע ההרג ובביצוע ההונאה והחיפוי. ביוני 1986 העניק נשיא המדינה, בהמלצת הממשלה, חנינה למעורבים בפרשה, אף שהם עדיין לא הועמדו לדין. בעקבות הדברים התפטר בספטמבר 1986, ראש השב"כאברהם שלום מתפקידו ואת מקומו נקרא למלא ראש השב"כ לשעבר, יוסף הרמלין. בעקבות הפרשה, נקלע הארגון למשבר פנימי עמוק - ערכי ומקצועי, על רקע הנורמות הפסולות שנחשפו במהלך הפרשה. במקביל, הביאה הפרשה למשבר אמון חריף מצד הציבור, גופי אכיפת החוק, המערכת המשפטית ומוסדות המדינה. השב"כ החל בתהליך עמוק ויסודי של הפקת לקחים, בתחום הערכי והמקצועי, שתוצאתו גיבוש דפוסי התנהגות ונהלי עבודה חדשים, והטמעת הנורמות של פעילות במסגרת החוק. לקחי הפרשה מונחלים מאז לעובדי השב"כ במסגרות ההדרכה וביחידות. במסגרת זו, בלטה ההחלטה על הקמת משרד מבקר פנים בתוך השב"כ. ברבות השנים, גובשוערכי שירות הביטחון הכללי ונחקק חוק השב"כ.

באפריל 1984, אחרי מאמץ מודיעיני ממושך, חושף שב"כ התארגנות טרוריסטית יהודית המכונה "המחתרת היהודית", אותו ארגון הוא שביצע ביוני 1980 את הפיגועים בראשי הערים הפלסטינים. ביולי 1983 מבצעת חוליה של הארגון פיגוע במכללה האסלאמית בחברון. ממצאי הפיגוע מובילים לאיתור חשודים מרכזיים הקשורים אליו, לפיקוח עליהם ולביסוס החשדות. באפריל 1984מסכל השב"כ פיגוע נוסף שמתוכנן על ידי חברי הארגון: פיצוץ חמישה אוטובוסים ערביים באזור ירושלים באמצעות הטמנת מטעני חבלה. בעקבות אירועים אלה נעצרים חשודים ומועמדים לדין 28 מחברי הארגון, בהם פעילים מרכזיים ב"גוש אמונים" ומתיישבים מיהודה, שומרון ורמת הגולן. חוליות המפגעים בראשי הערים וחוליות שתכננו לפוצץ את כיפת הסלע נחשפות, אנשיהן מובאים לדין, הם מורשעים ונידונים לתקופות מאסר שונות כולל מאסרי עולם.

4.11.1983 פיגוע צור השני בשעה 06:00 חודרת מכונית תופת עמוסה בכ-600 ק"ג של חומר נפץ, למחנה צבאי בנפת צור שבלבנון, ששימש את שב"כ ומג"ב. במכונית נהגו מחבלי ארגוני "הג'יהאד האסלאמי" ו"חזית ההתנגדות הלבנונית". בפיצוץ נהרגו 28 אנשי כוחות הביטחון, מהם: 16 חיילי מג"ב, 3 אנשי שב"כ ו-9 חיילי צה"ל. כמו כן נהרגו 31 עצורים לבנוניים ונפצעו 23 אנשים נוספים.

נעצר אברהם מרקוס קלינגברג, עובד בכיר במכון הביולוגי כחשוד בריגול למען בריה"מ. קלינגברג, שהתחזה לרופא, נחשף בתקופת עבודתו בצה"ל ובמכון הביולוגי לסודות הרגישים ביותר של מדינת ישראל. קלינגברג גויס בישראל בשנת 1953 על ידי השלוחה החסויה של המודיעין הסובייטי בשגרירות בריה"מ. הוא הופעל באופן אינטנסיבי לפני ניתוק היחסים עם בריה"מ ב-1967 וגם לאחר מכן, ומסר למפעיליו הסובייטים את כל הידוע לו. לאורך כל שנות עבודתו טיפל השב"כ בחשדות שונים שהועלו כלפיו אך לא הצליח לאמתן. ידיעות נוספות שהתקבלו באמצע שנות השבעים הביאו לחידוש הטיפול בו ולביסוס החשדות כי הינו סוכן סובייטי. קלינברג הורשע בריגול חמור ונדון למאסר עולם. בשנת 1998 הוא שוחרר מסיבות בריאות בתנאים מגבילים ובינואר 2003 הורשה להגר לצרפת.

11.11.1982 פיגוע צור הראשון ביום ה', כ"ה חשון התשמ"ג, בעיצומה של מלחמת של"ג, בשעה 07:15 התרחש פיצוץ בבניין הממשל הצבאי בצור שבלבנון. כתוצאה מהפיצוץ נהרגו 91 אנשים מהם 67 חיילי צה"ל ומג"ב, 9 אנשי שב"כ וכן 15 עצורים מקומיים. לראשונה בתולדותיו, נדרש שב"כ להתמודד עם אירוע רב נפגעים משורותיו. פיגוע זה, יחד עם פיגוע צור השני, היוו נקודת מפנה בטיפול בנפגעים ובבני משפחותיהם. מאז חרט שירות הביטחון הכללי על דגלו את המחוייבות לשמירת הקשר עם משפחות הנופלים והנצחת נופליו בכבוד הראוי.

במסגרת מלחמת של"ג, קיבל השירות את האחריות לסיכול טרור בלבנון. השב"כ הקים תשתית מודיעינית נרחבת להתמודדות עם איומי הפח"ע והטרור, וכסיוע לכוחות צה"ל. ב-1985 נסוג צה"ל מרצועת הביטחון בלבנון ושירות הביטחון הכללי מקבל האחריות לסיכול הטרור מול החיזבאללה, עד היציאה מלבנון במאי 2000. במהלך השנים האלו התרחשו שני אסונות צור: 11.11.1982 פיגוע צור הראשון ביום ה', כ"ה חשון התשמ"ג, בעיצומה של מלחמת של"ג, בשעה 07:15 התרחש פיצוץ בבניין הממשל הצבאי בצור שבלבנון. כתוצאה מהפיצוץ נהרגו 91 אנשים מהם 67 חיילי צה"ל ומג"ב, 9 אנשי שב"כ וכן 15 עצורים מקומיים. לראשונה בתולדותיו, נדרש שב"כ להתמודד עם אירוע רב נפגעים משורותיו. אסון זה, יחד עם אסון צור השני, היוו נקודת מפנה בטיפול בנפגעים ובבני משפחותיהם. מאז חרט שירות הביטחון הכללי על דגלו את המחוייבות לשמירת הקשר עם משפחות הנופלים והנצחת נופליו בכבוד הראוי. 4.11.1983 פיגוע צור השני בשעה 06:00 חודרת מכונית תופת עמוסה בכ-600 ק"ג של חומר נפץ, למחנה צבאי בנפת צור שבלבנון, ששימש את שב"כ ומג"ב. במכונית נהגו מחבלי ארגוני "הג'יהאד האסלאמי" ו"חזית ההתנגדות הלבנונית". בפיצוץ נהרגו 28 אנשי כוחות הביטחון, מהם: 16 חיילי מג"ב, 3 אנשי שב"כ ו-9 חיילי צה"ל. כמו כן נהרגו 31 עצורים לבנוניים ונפצעו 23 אנשים נוספים.

ב-21.12.1980 מתמנה אברהם שלום-בנדור לראשות השב"כ במקום אברהם אחיטוב שסיים את תפקידו. אברהם שלום גויס לשב"כ בשנת 1950, ופעל בתפקידים פיקודיים שונים. במהלך שירותו השתתף במבצעים שונים, כגון:לכידת אייכמן, איתורו של הילד יוסלה שומכר ו"המדענים הגרמניים". בשנת 1972, לאחר טבח הספורטאים במינכן, קיבל את הפיקוד על אגף האבטחה עד 1980. בשנת 1980 מונה לראשות השב"כ ופרש בשנת 1986 בעקבות פרשת קו 300.

ב-2.6.1980 מתבצעת סדרת פיגועים נגד מספר ראשי ערים ערבים ביהודה ושומרון, שהתארגנו במסגרת "הוועדה להכוונה לאומית" הפלסטינית שפעלה ביהודה ושומרון ורצועת עזה. הפיגועים מתחילים בהתפוצצות מטען בקסבה בחברון, לא הרחק ממקום הירצחו של תלמיד ישיבת קריית ארבע יהושע סלומה ז"ל. שבעה ערבים נפצעים. לאחר מכן מתפוצצים מטענים עם הנעת מכוניותיהם של ראש עירית רמאללה, כרים חלף ושל ראש עיריית שכם, בסאם שקעה. רגלו של חלף נקטעה ושקעה איבד את שתי רגליו. הממשל הצבאי הורה לבדוק את מכוניותיהם של שאר ראשי הערים ביהודה ושומרון. חבלן מג"ב סלימאן חירבאווי, שנשלח לבדוק את מכוניתו של ראש עיריית אל-בירה, נתקל בתיל ממעיד שמפעיל את מטען החבלה שהוטמן, הוא נפצע קשה ומתעוור. ההערכה המיידית הייתה כי מדובר בפיגוע שבוצע על ידי יהודים כיוון שחודש קודם לכן בוצע פיגוע של מחבלי פת"ח בקבוצת מתפללים יהודים שחזרה ממערת המכפלה לבית הדסה בחברון, בפיגוע זה נרצחו שישה מתפללים. ממצאי הזיהוי הפלילי מאששים כי הפיגועים בוצעו באמצעי לחימה הנמצאים ברשות צה"ל. בעקבות פיגועים אלה מגביר השב"כ את מאמצי סיכול הטרור היהודי.

התקבלה החלטה מס' 411 של ממשלת ישראל אשר תיחמה את האחריות בין שב"כ למשטרת ישראל לאבטחת גופים מאובטחים בישראל. בהחלטה הודגשה אחריות השב"כ לאבטחת מידע, אבטחת אישים ואבטחת מתקנים מסוימים וביצוע סינון ביטחון בגופים מאובטחים בישראל. נקבע כי משטרת ישראל אחראית לאבטחת המתקנים, דהיינו אבטחתם הפיסית של מוסדות ומתקנים ממשלתיים וציבוריים ולביצוע המלצות סינון הביטחון של שב"כ בתחומי אחריותה הספציפיים (החלטה 411 החליפה החלטה קודמת בנושא, החלטה מס' 1006 מ-2 ספטמבר 1973).

באוגוסט 1974 נעצר הארכיבישוף הילריון קפוצ'י, בעקבות מבצע מודיעיני של השב"כ. הארכיבישוף נחשף כמי שמבריח במכוניתו אמצעי לחימה לפעילות חבלנית עוינת מלבנון לישראל. עם מעצרו נחשפים במכוניתו אמצעי לחימה שונים. קפוצ'י הועמד לדין, נידון ל-12 שנות מאסר, אך שוחרר אחרי שלוש שנים בלבד בעקבות פנייה של האפיפיור לממשלת ישראל.

ב-1.12.1974 מתמנה אברהם אחיטוב לראש השב"כ במקום יוסף הרמלין. אחיטוב שירת 31 שנים בשב"כ, מתוכן שבע שנים כראש הארגון.

ב-28.9.1973 השתלטו שני מחבלים ערבים על קרון רכבת ובו עולים מברית המועצות, במעבר הגבול האוסטרי-צ'כוסלובקי. הם לקחו שישה בני ערובה, חמישה עולים ופקיד מכס אוסטרי, ויצאו לשדה התעופה של וינה במכונית שהועמדה לרשותם על ידי השלטונות. במעבר מן הרכבת למכונית מצליחים שני בני ערובה להימלט. המחבלים שעלו על הרכבת בצ'כוסלובקיה, הציגו עצמם כאנשי ארגון"נשרי המהפכה הפלסטינית" ודרשו להפסיק את מעבר העולים מברית המועצות דרך אוסטריה. לאחר משא ומתן של 16 שעות, בהשתתפות דיפלומטים משגרירויות ערביות בוינה, התחייבה ממשלת אוסטריה לסגור את מחנה העולים בשנאו, ליד וינה. בני הערובה שוחררו והמחבלים הורשו לצאת בשלום מאוסטריה בדרכם ללוב. בעקבות האירוע מועתק מחנה העולים לאתר אחר ופועל תחת פיקוח"הצלב האדום" האוסטרי, כמו כן, החל השב"כ לאבטח העולים באוסטריה.

ב-28.12.1972 פורצים ארבעה מחבלים מארגון "ספטמבר השחור" (שם הארגון -על שם אירועי "ספטמבר השחור" ב-1970 בירדן) לשגרירות ישראל בבנגקוק, תאילנד. שישה ישראלים, ביניהם שגריר ישראל בקמבודיה ושני אנשי אבטחה נלקחים כבני ערובה. המחבלים דורשים את שחרורן של מחבלות פלסטיניות הכלואות בישראל. שלטונות תאילנד מנהלים משא ומתן בסיוע איש שגרירות מצרים בבנגקוק ובסיומו מובטח למחבלים כי יוכלו לצאת מתאילנד בתמורה לשחרור בני הערובה הישראלים. למחרת בבוקר יצאו המחבלים בטיסה למצרים ועמם, כערובה לשלומם, שגריר מצרים ופקידים תאילנדים בכירים. בני הערובה שוחררו עם יציאת המחבלים לשדה התעופה. בעקבות אירוע זה החל השב"כ בהקמת מערך לאבטחת נציגויות ישראליות ברחבי העולם.

בדצמבר 1972 חושף השירות רשת ריגול וחבלה ערבית-יהודית, המופעלת על ידי המודיעין הסורי. בראש הרשת, שמנתה 34 אנשים עמד דאוד תורכי, ערבי תושב חיפה. המפעיל מטעם המודיעין הסורי הוא חביב קהוואג'י, ערבי תושב ישראל בעבר, פעיל ארגון "אל ארד", שלפני עזיבתו את ישראל נעצר מנהלית כחשוד בריגול עבור המודיעין המצרי והמודיעין הסורי. נחשף כי אחת מחוליות הארגון היא של יהודים יוצאי פלג "מצפן" (הארגון הסוציאליסטי הישראלי, שהוקם בשנת 1962 על-ידי פורשי המפלגה הקומוניסטית הישראלית) ו"החזית האדומה" (פלג מאואיסטי שפרש מהארגון הסוציאליסטי הישראלי "מצפן" בספטמבר 1970). בראש החוליה עמד אהוד אדיב וחבריה האחרים היו: דן ורד, דויד קופר ויחזקאל כהן.הנאשמים המרכזיים בפרשה נדונו לתקופות מאסר ארוכות. ראו הרחבה בנושא: פרשיית חשיפת רשת ריגול ערבית-יהודית.

שירות הביטחון הכללי קיבל את האחריות לביטחון פנים בסיני, שעד אז היה באחריות אמ"ן. במסגרת זו פעל השב"כ מול סוכני המודיעין המצרי בסיני.

ב-5.9.1972 ארגון "ספטמבר השחור" ביצע פיגוע מיקוח במשלחת ישראל לאולימפיאדת מינכן. בעקבות האירוע בו נרצחו אחד-עשר ספורטאים, מאמנים ושופטים, חברי משלחת ישראל לאולימפיאדת מינכן, מטילה ממשלת ישראל על השב"כ את האחריות לאבטחת משלחות ואח"מים בחו"ל. כמענה מקצועי מוקמת באוקטובר 1972 מחלקה מיוחדת לאבטחה בחו"ל (החלטת ממשלה מס' 27).

ב-30.5.1972 נחתה טיסת אייר-פרנס בנמל התעופה בן גוריון.מן המטוס יצאו שלושה מחבלים, אנשי ארגון הטרור "הצבא האדום היפני", שהיו מתואמים עם ארגון הטרור הפלסטיני "החזית העממית לשחרור פלסטין". השלושה שלפו מן המזוודות רימונים וכלי נשק ופתחו באש. 25 אנשים נהרגו במקום ו-72 נפצעו. שניים מן המחבלים נהרגו והמחבל קוזו אוקמוטו, נלכד. מתוך הבנת הצורך בשמירה על נמלי האוויר והים, הוקמו בהנחיית השב"כ יחידות אבטחה מיוחדות בנתב"ג ובנמל חיפה.

ביולי 1968 מתרחשת חטיפת מטוס אל-על לאלג'יריה. לאחר אירוע זה, השב"כ קיבל האחריות להנחיית תחום אבטחת התעופה הישראלית בחו"ל, כולל גיוס והכשרת מאבטחים ואנשי מערך האבטחה של חברות התעופה הישראליות.

מלחמת ששת הימים היוותה ציון דרך מרכזי בהתפתחותו של שב"כ ותחומי פעילותו. בעקבות המלחמה, נותקו היחסים הדיפלומטיים בין מרבית ארצות מזרח אירופה לבין ישראל ונציגויותיהן ושלוחות המודיעין החסויות עזבו את הארץ. הטיפול בריגול המזרח-אירופאי נמשך אך השתנה באופן משמעותי. אחרי מלחמת ששת הימים מקבל השב"כ לידיו את האחריות על סיכול טרור וריגול בשטחי יהודה, שומרון ועזה. השליטה באזורים הללו מביאה להגברת הטרור הפלסטיני בתחומי ישראל, בשטחים ובחו"ל. כמו כן נעשים ניסיונות לפגוע בכלי תעופה ובספינות השטות לישראל וממנה, בנציגויות ישראליות ובמשלחות ישראליות בחו"ל. • אבטחה: השב"כ החל להנחות את תחום אבטחת התעופה: בתעופה האזרחית בתוך ישראל ובאבטחת קווי תעופה היוצאים מישראל ונכנסים אליה. • סיכול טרור פלסטיני בשטחים ובישראל: יחידות השטח והחקירות המסכלות טרור גדלות משמעותית, במיוחד במרחב ירושלים ובמרחב דרום. האבטחה וסיכול הטרור הפלסטיני הופכים לנושאים מרכזיים בסדר יומו של השב"כ.

ב-31.12.1963 מתמנה יוסף הרמלין לראשות השב"כ, במקומו של עמוס מנור. הרמלין הצטרף לשב"כ כבר ב-1949 ושימש בתפקידי פיקוד שונים לאורך כל שנות שירותו. ב-1960 התמנה הרמלין לתפקיד סגן ראש השב"כ. הוא כיהן בתפקיד ראש השב"כ עד דצמבר 1974. בשנת 1986, לאחר פרשת קו 300, נקרא הרמלין לשוב ולעמוד בראש השב"כ, לשקם את השב"כ ולאחד את השורות. הרמלין חזר ושירת שנתיים נוספות כראש השב"כ.

אדולף אייכמן, ראש אגף המבצעים של ה-S.S פעל להפעלת התוכנית הנאצית להשמדת יהודי אירופה. אייכמן נמצא אשם ונגזר עליו דין מוות, הראשון והיחידי בתולדות מדינת ישראל. מהלך המבצע בשנת 1959 מתקבלת במוסד ידיעה לפיה הפושע הנאצי אדולף אייכמן חי בבואנוס-איירס, תחת השם ריקרדו קלמנט. חוקר מיוחד שנשלח על ידי ראש המוסד,איסר הראל, לארגנטינה מאתר את קלמנט ועל סמך הנתונים שנאספים, מגיע להערכה כי אכן מדובר באייכמן. בעקבות כך מחליט ראש המוסד לשגר צוותים מבצעיים לבואנוס-איירס לאסוף מודיעין מבצעי, ללכוד את אייכמן ולהעביר אותו לישראל. הצוותים המבצעיים, ובמיוחד הצוות שביצע את חטיפת אייכמן, הורכב רובו ככולו מאנשי שב"כ. קלמנט-אייכמן נחטף ב-11 מאי 1960 והוחזק בדירה מבצעית בבואנוס-איירס. בחקירה המוקדמת שנערכת במקום מתגלה מעל לכל ספק כי מדובר באייכמן. אייכמן הוטס לישראל במטוס"אל-על" שהטיס את שר החוץ, אבא אבן, לחגיגות 150 שנה לעצמאות ארגנטינה. עם נחיתתו בישראל, ב-22.5.1960 נעצר אייכמן. משפטו נפתח במרץ 1961, לאחר שהורשע בדין הוא נדון למוות ונתלה ב-1.6.1962.

בעקבות אירוע השלכת רימון על ידי משה דוויק (מעורער בנפשו) בכנסת, באוקטובר 1957 , אירוע בו נפצעים ראש הממשלה דוד בן גוריון והשרים משה חיים שפירא וגולדה מאיר, מוטלת על השב"כ האחריות על אבטחת אישים ומוקמת היחידה לאבטחת אישים. עד אז נוהלה אבטחת בן-גוריון במשותף ע"י שב"כ ומשטרת ישראל. ועדת החקירה הפרלמנטרית שבדקה את האירוע גילתה כי אין גוף האחראי בצורה ברורה לנושא אבטחת אישים.

בעקבות רצח ד"ר ישראל קסטנר (מרס 1957), מעצרם ושפיטתם של המעורבים ברצח, נחשפה המחתרת הטרוריסטית האחרונה של ראשית שנות המדינה. האירוע מהווה ציון דרך של סוף "עידן המחתרות" וסיום עידן הדומיננטיות של הטיפול בענייני פנים בעבודת שב"כ. סביב אירוע זה גם נחשפה בפומבי לראשונה עובדת קיומו של שב"כ. קסטנר הואשם בשנת 1953 על ידי מלכיאל גרינוולד, בשיתוף פעולה עם הנאצים בהשמדת יהודי הונגריה בזמן מלחמת העולם השנייה, אך ב-1958, קבע בית המשפט העליון כי קסטנר לא שיתף פעולה עם הנאצים.

השב"כ משתתף ב"מבצע קדש", ומסייע לצה"ל בפעילות נמרצת לסיכול טרור וריגול ערבי ברצועת עזה עד לפינוי השטח ב-1957.

משנת 1956 ועד לשנת 1967 הופך תחום סיכול הריגול של המודיעין המזרח-אירופי לנושא המרכזי בטיפולי השב"כ. במהלך התקופה נחשפים מספר סוכנים של ארגוני מודיעין מזרח אירופיים, בישראל. • זאב אבני (גולדשטיין), עובד משרד החוץ, נחשף ונעצר באפריל 1956, לאחר ששימש סוכן של המודיעין הסובייטי. אבני, קומוניסט מאמין, ששימש כסוכן המודיעין הסובייטי בשוויץ בתקופת מלחמת העולם השנייה, התקבל לעבודה במשרד החוץ בשנת 1950. אחרי חשיפתו הוא נידון ל-14 שנות מאסר. • באוקטובר 1956 נחשפת רשת ריגול המופעלת על ידי המודיעין הפולני. • לוי לוי, סוכן מודיעין פולני שהוחדר לשב"כ בשנת 1950, נחשף בפברואר 1958. • אהרן כהן, מזרחן תושב קיבוץ שער העמקים, נחשף כסוכן המודיעין הסובייטי באוקטובר 1958. • ישראל בר, פרשן צבאי, סגן אלוף לשעבר בצה"ל שהועסק כהיסטוריון במשרד הביטחון נעצר במרץ1961 כסוכן של המודיעין הסובייטי (ראו בנושא פרשיית • א.ס., סוכן מוחדר של המודיעין הרומני, נעצר במרץ 1965.

לאחר הבחירות לכנסת השלישית וכניסת מפ"ם לממשלה, החל תהליך של מעבר השב"כ לעידן הממלכתי. התהליך התבטא בצמצום דרסטי של האגף שטיפל בנושאי פנים. ניתן לציין כמועד סיומו של תהליך זה, את תחילת שנת 1957, אז הסתיים תפקידה של היחידה האחרונה שהופקדה, בין היתר, על הטיפול בתחום זה.

ב-23.10.1953 מתמנה עמוס מנור לראשות השב"כ במקומו של יצחק דורות הפורש, ומכהן בתפקיד זה עד סוף שנת 1963. מנור מבסס את מעמדו של השב"כ כארגון ממלכתי.

בעקבות מינויו לראש המוסד לתפקידים מיוחדים ולממונה על שירותי הביטחון מסיים איסר הראל את תפקידו כראש שב"כ ובמקומו מתמנה יצחק (איזידור) דורות. דורות מכהן בתפקיד בשנים 1952-1953.

ב-1.8.1950 עובר שירות הביטחון הכללי ממסגרת צבאית למסגרת אזרחית ועתה הוא כפוף רשמית למשרד הביטחון – עובדיו הופכים להיות עובדי מדינה (במרץ 1963 בעקבות החלטות ועדת ידין-שרף יעבור השירות להיות כפוף לראש הממשלה ולמשרדו ויישאר כך עד היום). במהלך שנות ה-50 מתמקד השירות בנושאי פנים (חתרנות מדינית במגזר היהודי), כולל מעקב אחרי מפלגות ציוניות מסוימות והתארגנויות דתיות כמו מחתרות"מלכות ישראל" ("מחתרת צריפין") "ברית הקנאים" ובקבוצה שביצעה את רצח קסטנר. שנות ה-50 נחשבות לעידן הבלתי ממלכתי בתולדות השב"כ. ראה בנושא גם: ארגון שירותי המודיעין (מסמך).

השב"כ נטל על עצמו את הטיפול באיסוף החיובי בארץ, בנציגויות דיפלומטיות, ובמוסדות זרים ובין-לאומיים. עד אז טופל הנושא על ידי "דעת" – הזרוע המבצעית של "המחלקה המדינית" (או "אגף החקר") במשרד החוץ.

בדיון שהתקיים בנוכחות ראש הממשלה ושר הביטחון דוד בן-גוריון על ארגון שירותי המודיעין במדינת ישראל, מוסכם על הקמת "שירות הביטחון", (אשר נרשם רשמית בתאריך 11.3.1949 כיחידה צבאית תחת השם "שירות הביטחון הכללי"). בסיכום הרשמי נאמר כי עבודת המודיעין של מדינת ישראל תיעשה באמצעות ארבעה גופים: • שירות המודיעין של הצבא • שירות הביטחון • שירות המודיעין של משרד החוץ • מחלקה לחקירת פשעים של המשטרה על שירות הביטחון ותפקידיו נאמר: "...הדאגה לביטחון פנימי במדינה בכלל ובצבא, בעיות ריגול נגדי, סוכנים זרים, ארגוני מחתרת וכו' יעברו כולם לטיפולו של שירות הביטחון... שירות זה יהיה כפוף לשר הביטחון ויהיה אחראי לכל בעיות הביטחון במדינה, כולל הצבא. לרשות שירות זה תעמוד יחידה צבאית מיוחדת. מטעמים מסוימים תהיה יחידה זו רשומה כיחידה בתקן שירות המודיעין הצבאי...". איסר הראל שכיהן כראש "מחץ", עבר לפקד על שירות הביטחון הכללי, ובסתיו 1952, מונה על ידי ראש הממשלה ושר הביטחון לעמוד גם בראש המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים.

שירות הידיעות של "ההגנה" (ש"י) מתפרק ומתוכו צומחת קהילת המודיעין עליה נמנית "מחץ", יחידת שירות ידיעות פנימי בראשות איסר הלפרין-הראל. "מחץ"פועלת במסגרת צבאית וכפופה לראש הממשלה ולשר הביטחון. "מחץ" מטפלת במגזר היהודי, ואילו הטיפול במגזר הערבי מופקד בידי המודיעין הצבאי שנקרא "שירות מודיעין" (ש.מ.). ראו בנושא גם: מסמכי הקמה.